Nel Museo si conservano alcune raffinate suppellettili ecclesiastiche in argento: calici, patene, ostensori, turiboli, navicelle, pissidi, secchielli e aspersori. Arricchiscono la raccolta due reliquiari della Croce entrambi dei primi del Settecento. A causa degli espropri subiti dal convento, altri oggetti appartenenti alla collezione furono spostati nel Museo dell’Opera del Duomo e nella Pinacoteca Nazionale di Siena.
Le suppellettili maggiormente usate durante la liturgia comprendono: