Costeggiando il fianco est della Basilica, una porta laterale dà  accesso alla grandiosa cripta che si sviluppa al di sotto della chiesa, abbracciandone tutta la superficie. Si entra dapprima un vestibolo che immette nel Sepolcreto della famiglia Petrucci, un vano con colonne in laterizi e volte a crociera, in cui spicca il monumento funebre di Celia Petrucci (morta quindicenne nel 1558), . . .