La Crucifixión fue pintada hacia el 1502 por Pietro Perugino y  colocada en el segundo altar de la nave de derecha. Representa a Jesús a la hora de su muerte. A los pies de la cruz se encuentran las pías mujeres, San Juan Bautista y también unos  Santos agustinos: Agustín, el Santo protector de la Orden, su madre Mónica y Girólamo padre del desierto, cuya presencia recuerda el origen . . .